Lockheed a cherché rapidement à améliorer les performances du F-104 tout en prolongeant sa vie opérationnelle. De très nombreuses solutions avaient été envisagées à la fin des années 60. Mais l'une d'elles avait été particulièrement retenue parce que présentant d'intéressantes possibilités tout en conservant un prix de revient modéré. Il s'agissait du projet CL-1200 Lancer.

Prévu à l'intention des pays appartenant à l'Alliance Atlantique et devait reprendre un certain nombre d'éléments du Starfighter pour des raisons économiques de fabrication et de maintenance, les Skunks Works avaient conçu un modèle qui retenait le fuselage du F-104G.

Toutefois, le pare-brise était celui du F-104S, tandis qu'une nouvelle section de fuselage, de 0,70 mètre de longueur, autorisait l'introduction d'un plus grand réservoir de kérosène JP-4. Le fuselage, toujours de construction semi-monocoque, reprenait naturellement le même train d'atterrissage, mais pouvait recevoir le réacteur Turbofan Pratt & Whitney TF 30-P-100 ou bien le F 100-PW-10 développant une poussée 60 % plus puissante pour un accroissement de poids se limitant à 85 kg.

De plus, les entrées d'air étaient agrandies tout en conservant la configuration de celles du F-104G. En outre, toute la partie arrière du fuselage était construite en alliage de titane 6AI-4V afin de mieux supporter la chaleur et les efforts. La voilure, un peu plus grande que celle du F-104, était désormais implantée au fuselage en position haute. Elle possédait également un dièdre négatif et retenait les attaches d'intrados et de bouts d'ailes pour l'emport de missiles Sparrow et Sidewinder.

De leur côté, les empennages subissaient d'importantes modifications puisque le plan vertical avait un dessin trapézoïdal en flèche et le plan stabilisateur, toujours monobloc, était implanté au fuselage en position basse.

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