Cependant, avant que le premier vol de XB-43 n'ai eu lieu, l'USAF s'était déjà prononcé contre la production en série du B-43. L'USAF favorisait une configuration quadrimoteur plutôt que des moteurs jumelés pour ses futurs bombardiers à réaction, et avait déjà décidé de commander le North American B-45. Le programme XB-43 continuerait, mais il serait maintenant relégué au rôle de banc d'essai en vol.

Le deuxième avion (44-61509) a été livré à Muroc en mai 1947. Il a été utilisé comme banc d'essai de réacteur et nommé YB-43. A cette fin, un des J-35 a été remplacé par un General Electric J-47. Cet avion a continué de voler en utilisant les pièces du premier XB-43, qui avait été endommagé dans un accident le 1^er février 1951. Vers la fin de 1953, le YB-43 a été finalement retiré du service. L'avion est maintenant abrité par le musée national de l'air et de l'espace. Les codes des XB-43 étaient 44-61508 et 44-61509.